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微生物检测法根据抗生素对微生物的原创生理机能及代谢的抑制作用来定性或定量确定样品中的抗微生物药物残留。该方法易受组织中其他组分的抗生影响，特异性低，素残灵敏度也不高，检测但操作简便，微生物检样品用量少，测法预处理简单，原创在基层大规模筛选工作中有很大的抗生应用价值。
杯碟法：样品经处理后注入牛津杯中，素残与含菌液的检测检定平板贴合。培养后根据抑菌圈的微生物检有无及大小判定结果。采用不同的测法试验菌种可检测不同的抗生素。
棉拭法：检测胴体内可疑抗生素残留的原创现场试验方法。从肾脏、抗生肝脏和肌肉采样，素残通过棉拭周围有无抑菌圈或其大小判定抗生素的残留。
纸片法：前最常用的一种方法，具有广域的灵敏性，用圆滤纸从肾脏或乳取样，与含有枯草杆菌等细菌的营养琼脂贴合，培养，通过观察抑菌圈大小检查有无抗生素残留。
TTC法：即氯化三苯基四氮唑法，这是目前我国食品卫生标准中用来检测牛乳中抗生素残留的检测方法。无色为阳性，红色为阴性。
双抗体夹心法:双抗体夹心法是检测抗原最常用的方法。方法：先将已知抗体吸附在固相载体上，加入待检抗原，再加入酶标记的已知抗体，反应后形成“抗体-抗原-酶标抗体”复合物，最后加入酶的底物显色。常用于检验各种蛋白质等大分子抗原。适用于分子中具有至少两个抗原决定簇的多价抗原，而不能用于小分子半抗原的检测。
竞争法:标本中的抗原(抗体)和一定量的酶标抗原(抗体)竞争与固相抗体(抗原)结合。用已知抗体(抗原)包被，加入待测血清，再加酶标抗原(抗体)，酶标抗原(抗体)与待检物竞争与包被物结合。加底物显色。可用于测定抗原和半抗原，也可用于测定抗体。
总结：微生物检测法，灵敏度低；理化检测法，GC和HPLC成本高，技术受限；免疫检测法，灵敏度高，特异性强。